これまで国立大の意思決定は、総合大は各学部の代表者で構成する評議会、単科大は教授会で行うことになっていた。総合大は、基本的に一つの学部が反対するだけで議案が可決されないことが多く、大学全体の観点から意思決定をすることが難しかった。独立行政法人化後は、学長と学長が任命する役員（基本的には副学長や事務局長）が意思決定を行うことになっており、学長の権限が意思決定及び執行の両面で強化される。
しかし、学長に過度に権限が集中することに対しては有識者からの批判も多く、金子教授は「本来なら、学長が執行機関、それを指揮する意思決定機関あるいは監督機関が、理事会のような形で存在しているのが妥当ではないか」と指摘している。
