「高等教育研究開発推進機構(以下、機構)」設置前の全学共通教育の実施・運営体制は、1993年に教養部から組織替えをした実施責任部局の総合人間学部と、企画・運営の責任組織の全学教育課程委員会や各学部との連携が十分に機能せず、それぞれの責任を果たし得ない状況にあった。教養教育の重要性が改めて指摘される中で、継続的な改善に責任を持つ組織的体制の整備が不可欠であるとの認識から、2003年4月に全学的な責任組織として当機構を設置した。
当機構は、副学長の兼務職である機構長をトップに、将来計画、予算、人事、施設整備などの管理運営を審議する「執行協議会」と、カリキュラムや授業評価などの教学面を担う「全学共通教育システム委員会」で組織している。「高等教育研究開発推進部」は、機構に併設された全学共通教育運営の継続性の確保と、その企画の理論的支援を担う「高等教育研究開発推進センター」の高等教育教授システム研究開発部門と情報メディア教育開発部門であり、実施責任部局や協力部局とのリエゾン機能を果たしている。また、「全学共通教育事業部」は機構の教員部門であり、非常勤講師および外国人教員が所属している。
執行協議会には、機構長の補佐機関として幹事会を設け、機動性を持たせている。全学共通教育システム委員会は、4つの専門委員会と、各委員会に属する11の科目部会で構成されている。委員会は年約70回開催し、関係する全学の専任教員は250人に及ぶ。
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