設置者ごとの判断は定款で
以上3点以外にも、地方自治の見地から設置者の判断に委ねる部分が多く、国立大学法人法に比べ緩やかな規定になっている点が特徴だ。例えば、国立大学法人と違って役員会の設置は義務付けられていない。また、国立大学法人の経営協議会には学外者を半数以上入れるという規定があるが、公立大学法人の経営審議機関については構成に関する制約がない。さらに、国立大学法人法では経営協議会と教育研究評議会それぞれの審議事項が明記されているのに対し、公立大学法人の両機関の具体的な審議事項は明記されていない。
これら設置者の判断による部分は法人の定款として定め、議会の議決を必要とする。その後法人の設置認可申請をするが、設置者が都道府県か政令指定都市の場合は総務相と文科相による共同認可、その他の市町村や特別区であれば都道府県知事の認可を受けることになる。これとは別に、大学を設置するための学校教育法上の手続きとして文科相への申請が必要で、既存の公立大学を法人化する際には設置者変更の申請が必要になる。
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