21世紀プログラムの学生は、文系理系の区別なく、興味のあるテーマに関連する各学部の専門科目を横断的に学ぶ。４年間にわたって一人ひとりがオリジナルの時間割を組むため、履修指導などきめ細かにフォローする教員を「チューター」として各学年に５、６人置いている。全学部共通の「全学教育科目」24単位のほか、卒業要件の約半分の60単位は、教養科目や各学部の専門科目から自由に選んで学べる。
　プログラム独自の科目もある。１年次必修の「課題提示科目」では、専攻テーマ絞り込みの選択肢になるよう、前期・後期それぞれ二つのテーマでオムニバスの講義をする。「環境問題」「国際関係」など現代社会の課題をテーマに、他大学の教員や市民活動家なども数多く講師に加えている。４年間必修の「プログラム・ゼミ」では、１年次と２年次、３年次と４年次がそれぞれ合同で発表や討論を重ね、研究に必要なスキルをきたえる。
　２年次からは自分で決めた専攻テーマに沿って各学部の専門科目の授業を受け、４年次にはその分野を専門にする教員の指導を受けて卒業研究を進める。視野を広げ専門性を高めるため、基本的には留学と大学院進学が推奨されている。