近年は進学実績の向上（図１）や部活動の活躍が目立つ。1991年から「東大　京大　甲子園」をスローガンに掲げ、全教師が危機意識を共有して指導にあたってきた。そして、３年後の94年には初の東京大合格者を出すと共に、野球部が甲子園初出場にしてベスト４、スケート部は全国優勝を成し遂げた。「学校改革に熱心な学校」であるだけではなく「実績を出せる学校」としても注目されるようになったのである。
　 佐久長聖高校はその成功を一時の勢いとして終わらせず、その後もコンスタントに実績を上げ続けている。中高一貫校の一期生が卒業した01年度以降は、それまで年１、２名だった東京大合格者が５名に増加し、06年度入試では８名に達した。また、部活動でも、スケート部や駅伝部から世界大会の日本代表選手が選ばれるなど、県内において、文武両面で着実に実績を出せる私立校として評価されるようになったのである。