21世紀プログラムは現在もいくつかの課題を抱え、発展の途上にある。チューターなどを担当して学生と密に接する教員と、全学教育科目や専門科目で関わるほかの教員の間には、プログラムに対する認識の違いや思い入れの温度差があるようだ。学力試験を受けずに入学するプログラム生の間の学力格差は、一般の教員からたびたび指摘される問題だという。武谷教授によると、全科目の平均では一般の学生と比べても遜色はないが、英語では基礎力不足が目立つ者もいるようだ。
　「苦手なことがある一方で秀でたものも持っているのが、21世紀プログラム生の特色」というのが、武谷教授や副島教授の基本的な考え。しかし、英語力は留学の推奨にも関わる課題だと考え、05年度入試からは、講義の資料に英文を入れるなど、英語力を試すことにした。
　武谷教授らは、留学を勧めながら、実行すると４年間で卒業できないケースがある、という問題も認識している。そこで、単位の読み替えなど柔軟に対応することにした。