「審議のまとめ」では、若手の活躍による教育・研究の活性化に向け、文科省が対応すべき課題も指摘された。若手教員が利用できる競争的資金の充実、施設マネジメントの支援などである。委員の間では、研究スタイルの考え方の違いから、「研究者として独立する以上、助教にも研究室を与えるべきだ」「独立ではなく孤立を招くから、個別の研究室は不要だ」という激論が交わされたという。
　文科省は、今回の制度改正に伴う直接的な財政的支援はできない、との立場。大学の自主的な改革に期待し、積極的なところの支援策を検討するという。
　教員組織の見直しは、大学改革の中で最も難しいテーマの一つといわれる。検討委の関係者は、制度の改正内容と特に関わりが深い国立大学を念頭に、次のように話す。「法人化は大学全体の運営に関わる改革なので、トップが集中的に検討すべき課題だったともいえる。しかし、教員組織の見直しは現場レベルの課題であり、各研究室などで日常的に真剣に議論してもらう必要がある」。